Mit der MRT können Schnittbilder des menschlichen Körpers ohne Anwendung von Röntgenstrahlen erzeugt werden. Der Patient liegt dabei in einem starken Magnetfeld, wobei durch kurzzeitig eingestrahlte Radiowellen Schnittbilder der untersuchten Körperregion erstellt werden können.
Eine Untersuchung im MR-Tomographen dauert zwischen 20 und 30 Minuten. Die Positionierung des Patienten erfolgt meist in Rückenlage, wobei der Patient in einer Röhre mit einem Durchmesser von 60 cm und einer Länge von etwa 1,50 m positioniert wird. Sollte der Patient sich während der Untersuchung unwohl fühlen, so kann er sich über ein Klingelsystem sowie eine integrierte Sprechanlage beim überwachenden technischen Personal melden. Da während der Untersuchung teilweise laute Klopfgeräusche auftreten, erhält der Patient zum Gehörschutz einen Kopfhörer, über den auch selbst mitgebrachte Musikstücke über eine CD eingespielt werden können. Bei einigen Untersuchungen ist es allerdings auch notwendig, für wenige Sekunden den Atem anzuhalten (10 bis 20 Sekunden).
Trotz des sehr guten Weichteilkontrastes in der Magnetresonanztomographie ist die Gabe eines Kontrastmittels manchmal notwendig. Hierbei handelt es sich um ein spezielles MRT-Kontrastmittel, das über eine zuvor in eine Vene eingebrachte dünne Kanüle injiziert wird. Die Verträglichkeit dieses MRT-Kontrastmittels auf der Basis von Gadolinium ist sehr gut , so dass die Nebenwirkungsrate im Vergleich zu den jodhaltigen Röntgen-Kontrastmitteln nochmals geringer ist.
Vor einer MRT-Untersuchung wird der Patient intensiviert nach möglicherweise im Körper vorhandenen Metallgegenständen befragt. Falls ein Patient nach einer Verletzung Metallsplitter im Körper trägt, einen Herzschrittmacher oder Defibrillator implantiert bekommen hat, ein Innenohrimplantat oder einen Schmerztherapiestimmulator bzw. ein anderes elektrisches Implantat aufweist, erfolgt eine intensivierte Abklärung und möglicherweise muss auf die MRT-Untersuchung verzichtet werden.